La plateforme d’histologie et de morphologie est un service d’anatomopathologies animales et un service de formation aux différentes techniques d’histologie.

La plateforme dispose actuellement de l'ensemble des équipements nécessaires à la réalisation des techniques histologiques de routine sur prélèvements fixés, congelés ou frais, ainsi que de la possibilité de virtualiser vos lames histologiques. La plateforme possède également des équipements spécifiques permettant la réalisation de reconstructions d’échantillons marqués en 3D (OHREM) et de projets de microdissection laser

Selon votre demande de prestation, la plateforme prend en charge vos échantillons (inclusion, coupe, coloration et/ou scan de lame en fond clair ou en fluorescence, HREM). Elle peut aussi former un membre de votre équipe sur différentes techniques histologiques (inclusion, coloration, immunohistochimie) et sur nos différents postes de travail disponibles à la réservation (microtome, cryostat, vibratome et microdissecteur laser).

La plateforme met à votre disposition son expérience et la technologie de cette plateforme.

 

Nous serons heureux de vous aider avec des analyses spécifiques et de routine dans vos projets de recherche. 

1- Pour les demandes courantes de service, veuillez remplir les formulaires dédiés et les envoyer par courrier électronique à histo.sfrnecker@inserm.fr

2- Pour toutes demandes concernant la possibilité de développements technologiques novateurs ou d'analyses collaboratives au delà des services déjà proposés par la plateforme, merci de contacter la responsable de la plateforme Sophie Berissi par mail sophie.berissi@inserm.fr (cc référent scientifique Dr Ganna Panasyuk à ganna.panasyuk@inserm.fr)

Sofian AMEUR  01 40 61 54 81 
-  
Sophie BERISSI  01 40 61 54 80 
Responsable de plateforme  
Damien CONROZIER  01 40 61 54 81 
-  
Ganna PANASYUK  01 40 61 53 44 
Référent scientifique  

La plateforme est située sur le site Necker au 1er étage de la Faculté Paris Descartes au 160 Rue de Vaugirard, 75015 Paris.

 

Les équipements pour les techniques histologiques de routine :

 

  • Un automate d’infiltration des tissus sous vide (ASP300S, Leica) permettant la conduite de la déshydratation automatique et l'imprégnation en paraffine jusqu’à 200 échantillons par jour.
  • Une plaque d’inclusion (EC-350, Microm France)
  • Deux microtomes semi-automatiques (2 x HM 340E, Microm France) pour la réalisation des prestations de coupes en  paraffine, ainsi qu’un microtome semi-automatique (RM2145, Leica) mis à disposition des utilisateurs
  • Une imprimante de lame (SlideMate, Thermo Scientific)

                                 

  • Un cryostat (CM3050S Leica) pour la réalisation de coupes congelées. Cet appareil est également accessible aux utilisateurs autonomes.
  • Un vibratome (VT1200) pour la réalisation sur tissus frais. Cet appareil est également accessible aux utilisateurs autonomes.
  • Un multistainer (ST5020-CV5030, Leica) permettant de réaliser les colorations classiques et spécifiques des tissus et d'effectuer le montage avec lamelle.
  • Un microscope (DME, Leica) permettant un contrôle constant de la qualité des coupes et des colorations

 

Les équipements pour les techniques spécifiques :

  

  • La plateforme dispose d’un scanner de lame (Nanozoomer 2.0, Hamamatsu) associé à un logiciel de gestion et de distribution d’image (Calopix, Tribvn). Ce système permet de réaliser des lames virtuelles en fond clair ou en fluorescence. Les lames virtualisées sont exploitables via NDPview (software d’observation et d’annotation Hamamatsu) ou par Calopix.

Caractéristiques :

  • Objectif 20x NA 0.75 à grossissement global 20X ou 40X
  • Résolution :
    • 0.23 μm/pixel (40× high resolution mode)
    • 0.46 μm/pixel (20× standard mode)
  • Chargeur jusqu'à 210 lames en même temps
  • Possibilité de faire des acquisitions de piles d'images
 
 
 
  • Calopix : il s’agit d’un logiciel permettant d’associer des données à une lames virtuelles dans une arborescence logique à des fins de traçabilité (système de gestion) et quantifier et/ou compter les marquages de ces lames (système de traitement d’image). 

 

 

  • La plateforme dispose aussi d’un Microdissecteur Laser (Palm MicroBeam, Zeiss). Cet appareil vous permet, entre autre, d’étudier des acides nucléiques (ADN/ARN) et des protéines de sous-populations cellulaires spécifiques.

 

 

  • La plateforme d’histologie possède un OHREM (Optical High Resolution Episcopic Microscope, Indigo Scientific). L'HREM est une technique d'histologie en 3D. Il est utile pour analyser et quantifier l'anatomie fine d'échantillons épais et volumineux et peut également fournir des images 3D de rapporteurs LacZ et HRP à partir d'échantillons transgéniques ou d'expériences ISH. Il n'est pas compatible avec les rapporteurs fluorescents, il n'atteint pas la résolution subcellulaire; il est donc complémentaire des microscopes confocaux ou à feuillet de lumière, qui sont souvent limités dans la taille des échantillons pouvant être traités et ne sont pas compatibles avec les rapporteurs non fluorescents.

            Lien utilie : https://dmdd.org.uk/hrem/

Caractéristiques :

  • 2 sources de lumière : 585nm ou 470nm
  • Epaisseur de coupe : 1 à 5µm
  • Dimension de l’échantillon : jusqu’à 20mm
  • Résolution : 4 ou 12 megapixel
  • Image JPG ou TIF
  • Temps de coupe : 2 à 12 heures (dépend de la taille de l’échantillon et de la résolution).

 

 

  • Une loupe binoculaire (Stemi 508) pour l'orientation des échantillons lors de l'inclusion en résine pour la technique HREM

 

Plateforme d’Histologie et de Morphologie du petit animal

Sophie Berissi, Sofian Ameur, Damien Coronzier

 

histo.sfrnecker@inserm.fr

 

Bureaux : Pièce 104
Dépôt et retrait des prestations : Pièce 112
Utilisation des appareils :  Microdissecteur laser - Pièce 112
                           Microtome, Cryostatet vibratome - Pièce 106A

Faculté de Médecine Paris Descartes – site Necker
156-160 rue de Vaugirard
Paris Cedex 15

 

Tél. 01.40.61.54.80 / 81 / 85

 

et

 

Ganna Panasyuk

(référent scientifique)

 

ganna.panasyuk@inserm.fr

 

Institut Necker Enfants Malades (INEM)
Inserm U1151/CNRS UMR 8253 - Faculté de Médecine Paris Descartes
156-160 rue de Vaugirard
Paris Cedex 15

Les prestations de routine :

La plateforme prend en charge vos échantillons et réalise les prestations de votre choix :

  • l’inclusion en paraffine
  • la coupe : en congélation (5-30µm) et/ ou en paraffine (4µm) et/ou sur tissus frais
  • les colorations histologiques : coloration standard  (Hématoxyline – Eosine, Bleu de toluidine) ou colorations spécifiques du collagène (Trichrome de Masson, Picro-sirius), des polysaccharides (Periodic Acid Schiff)
  • Virtualisation de lames grâce à un scanner Hamamatsu, en lumière blanche et en fluorescence.
  • L'inclusion d'échantillon en résine à destination de la coupe sur l'OHREM
  • Coupe d'échantillon inclus dans une résine et acquisition d'images grâce à l'OHREM permettant la reconstitution 3D des échantillons via des softwares.

 

Les formations :

La plateforme assure aussi la formation d’un ou plusieurs membres de votre équipe :

  • à l’utilisation des équipements de microtomie (microtome, cryostat et vibratome) afin d’y être autonome et d’en disposer quand vous le souhaitez
  • aux colorations et à la mise au point de marquages immuno-histochimiques 
  • A la microdissection laser (formation et accompagnement)
  • A l'analyse d'image sur le logiciel Calopix (formation et accompagnement).

 

Effectuer une demande de prestation / formation :

Pour accéder aux différents services, il est impératif de souscrire sans réserve à la charte d’utilisation de la plateforme d’histologie. Une réunion est également proposée afin de discuter de votre projet, de vous proposer les différentes prestations qui répondent à votre besoin et de vous expliquer le fonctionnement de la plateforme d’histologie.

  • Imprimer, lire, approuver et signer la charte d'utilisation de la plateforme par le chef d'équipe et par chaque utilisateur de la plateforme:

            Charte plateforme d'histologie

 

Pour toute demande de prestation et/ou de formation, il est obligatoire de remplir les fiches suivantes et de les envoyer par email à histo.sfrnecker@inserm.fr

  • Pour les demandes d’inclusion en paraffine, coupes en paraffine ou congelées, coloration, lames virtuelles, l’inclusion en résine et la coupe sur l’OHREM : 

            Fiche ETUDE P_Histo SFR Necker V1.1 : à remplir et envoyer à chaque dépôt d'échantillons  

  • Pour les demandes de coupes sur vibratome : nous contacter
  • Pour les demandes de formation : Fiche FORMATION
  • Pour les projets de microdissection : nous contacter

 

Accéder aux appareils mis à disposition des utilisateurs :

  • Cryostat, microtome et vibratome : il est indispensable d’avoir été formé par l’un des membres de la plateforme, de vous inscrire sur le site intranet Niina (pour les utilisateurs du site Necker) et de veillez à nettoyer le matériel utilisé afin de le rendre dans l’état initial.
  • microdissecteur laser : vous devez obligatoirement suivre une formation dispensée par l’un des membres de la plateforme, puis de vous inscrire sur le site intranet Niina (pour les utilisateurs du site Necker).

 

La tarification 

Nous contacter sur histo.sfrnecker@inserm.fr

 

  • Franck G, Even G, Gautier A, Salinas M, Loste A, Procopio E, Gaston AT, Morvan M, Dupont S, Deschildre C, Berissi S, Laschet J, Nataf P, Nicoletti A, Michel JB, Caligiuri G. Haemodynamic stress-induced breaches of the arterial intima trigger inflammation and drive atherogenesis. Eur Heart J. 2018 Dec 11.
  • Phelep A, Laouari D, Bharti K, Burtin M, Tammaccaro S, Garbay S, Nguyen C, Vasseur F, Blanc T, Berissi S, Langa- Vives F, Fischer E, Druilhe A, Arnheiter H, Friedlander G, Pontoglio M, Terzi F. MITF-A controls branching morphogenesis and nephron endowment. PLOS Genet. 2017 Dec 14;13(12).
  • Pol JG, Lekbaby B, Redelsperger F, Klamer S, Mandouri Y, Ahodantin J, Bieche I, Lefevre M, Souque P, Charneau P, Gadessaud N, Kremsdorf D,Soussan P. Alternative splicing-regulated protein of hepatitis B virus hacks the TNF--stimulated signaling pathways and limits the extent of liver inflammation. FASEB J. 2015 May;29(5):1879-89.
  • Le Corre S, Viau A, Burtin M, El-Karoui K, Cnops Y, Terryn S, Debaix H, Bérissi S, Gubler MC, Devuyst O, Terzi F. Cystic gene dosage influences kidney lesions after nephron reduction. Nephron. 2015;129(1):42-51
  • Canaud G, Bienaimé F, Viau A, Treins C, Baron W, Nguyen C, Burtin M, Berissi S, Giannakakis K, Muda AO, Zschiedrich S, Huber TB, Friedlander G, Legendre C, Pontoglio M, Pende M, Terzi F. AKT2 is essential to maintain podocyte viability and function during chronic kidney disease. Nat Med. 2013 Oct;19(10):1288-96.
  • Brezillon N, Brunelle MN, Massinet H, Giang E, Lamant C, DaSilva L, Berissi S, Belghiti J, Hannoun L, Puerstinger G, Wimmer E, Neyts J, Hantz O, Soussan P, Morosan S, Kremsdorf D. Antiviral activity of Bay 41-4109 on hepatitis B virus in humanized Alb-uPA/SCID mice. PLoS One. 2011;6(12):e25096
  • Alliouachene S, Tuttle RL, Boumard S, Lapointe T, Berissi S, Germain S, Jaubert F, Tosh D, Birnbaum MJ, Pende M. Constitutively active Akt1 expression in mouse pancreas requires S6 kinase 1 for insulinoma formation. J Clin Invest. 2008 Nov;118(11):3629-38.

 

En remerciement dans les publications suivantes :

 

  • Rashid T, et al. Lipin1 deficiency causes sarcoplasmic reticulum stress and chaperone-responsive myopathy. EMBO J. 2019 Jan 3;38(1).
  • Ahodantin J, et al. Hepatitis B virus X protein promotes DNA damage propagation through disruption of liver polyploidization and enhances hepatocellular carcinoma initiation. Oncogene. 2018 Dec 11.
  • Medina-Cano D, et al. High N-glycan multiplicity is critical for neuronal adhesion and sensitizes the developing cerebellum to N-glycosylation defect. Elife. 2018 Oct 12;7.
  • Viau A, et al. Cilia-localized LKB1 regulates chemokine signaling, macrophage recruitment, and tissue homeostasis in the kidney. EMBO J. 2018 Aug 1;37(15).
  • Le Garrec JF, et al. A predictive model of asymmetric morphogenesis from 3D reconstructions of mouse heart looping dynamics. Elife. 2017 Nov 28;6.
  • De Tomasi L, et al. Mutations in GREB1L Cause Bilateral Kidney Agenesis in Humans and Mice. Am J Hum Genet. 2017 Nov 2;101(5):803-814.
  • Duriez M, et al. Alternative splicing of hepatitis B virus: A novel virus/host interaction altering liver immunity. J Hepatol. 2017 Oct;67(4):687-699.
  • Sackmann Sala L, et al. A rare castration-resistant progenitor cell population is highly enriched in Pten-null prostate tumours. J Pathol. 2017 Sep;243(1):51-64.
  • Patitucci C, et al. Hepatocyte nuclear factor 1 suppresses steatosis-associated liver cancer by inhibiting PPAR transcription. J Clin Invest. 2017 May 1;127(5):1873-1888.
  • Amrouche L, et al. MicroRNA-146a in Human and Experimental Ischemic AKI: CXCL8-Dependent Mechanism of Action. J Am Soc Nephrol. 2017 Feb;28(2):479-493.
  • Bourti Y, et al. Antithrombin is not protective against renal ischaemia-reperfusion injury. Thromb Haemost. 2017 Jan 26;117(2):422-425.
  • Bernichtein S, et al. Vitamin D3 Prevents Calcium-Induced Progression of Early-Stage Prostate Tumors by Counteracting TRPC6 and Calcium Sensing Receptor Upregulation. Cancer Res. 2017 Jan 15;77(2):355-365.
  • Bienaimé F, et al. Stat3 Controls Tubulointerstitial Communication during CKD. J Am Soc Nephrol. 2016 Dec;27(12):3690-3705.
  • Maschalidi S, et al. Therapeutic effect of JAK1/2 blockade on the manifestations of hemophagocytic lymphohistiocytosis in mice. Blood. 2016 Jul 7;128(1):60-71.
  • Amrouche L, et al. MicroRNA-146a in Human and Experimental Ischemic AKI: CXCL8-Dependent Mechanism of Action. J Am Soc Nephrol. 2016 Jul 21.
  • Orhon I, et al. Primary-cilium-dependent autophagy controls epithelial cell volume in response to fluid flow. Nat Cell Biol. 2016 Jun;18(6):657-67.
  • Grampa V, et al. Novel NEK8 Mutations Cause Severe Syndromic Renal Cystic Dysplasia through YAP Dysregulation. PLoS Genet. 2016 Mar 11;12(3):e1005894.
  • El Karoui K, et al. Endoplasmic reticulum stress drives proteinuria-induced kidney lesions via Lipocalin 2. Nat Commun. 2016 Jan 20;7:10330.
  • Nemazanyy I, et al. Class III PI3K regulates organismal glucose homeostasis by providing negative feedback on hepatic insulin signalling. Nat Commun. 2015 Sep 21;6:8283.
  • Sackmann-Sala L, et al. Human and murine prostate basal/stem cells are not direct targets of prolactin. Gen Comp Endocrinol. 2015 Sep 1;220:133-42.
  • Bernichtein S, et al. Anti-inflammatory properties of Lipidosterolic extract of Serenoa repens (Permixon®) in a mouse model of prostate hyperplasia. Prostate. 2015 May;75(7):706-22.
  • Bernichtein S, et al. High milk consumption does not affect prostate tumor progression in two mouse models of benign and neoplastic lesions. PLoS One. 2015 May 4;10(5):e0125423.
  • Quetier I, et al. C-terminal-truncated hepatitis B virus X protein enhances the development of diethylnitrosamineinduced hepatocellular carcinogenesis. J Gen Virol. 2015 Mar;96(Pt 3):614-25.
  • Sackmann-Sala L, et al. Prolactin-induced prostate tumorigenesis links sustained Stat5 signaling with the amplification of basal/stem cells and emergence of putative luminal progenitors. Am J Pathol. 2014 Nov;184(11):3105-19.
  • Soggia A, et al. Von Hippel-Lindau gene disruption in mouse pancreatic progenitors and its consequences on endocrine differentiation in vivo: importance of HIF1- and VEGF-A upregulation. Diabetologia. 2014 Nov;57(11):2348-56.
  • Ferraris J, et al. Prolactin induces apoptosis of lactotropes in female rodents. PLoS One. 2014 May 23;9(5):e97383.
  • Rachdi L, et. Dyrk1A induces pancreatic cell mass expansion and improves glucose tolerance. Cell Cycle. 2014;13(14):2221-9
  • Liang N, et al. Regulation of YAP by mTOR and autophagy reveals a therapeutic target of tuberous sclerosis complex. J Exp Med. 2014 Oct 20;211(11):2249-63.
  • Korneychuk N, et al. Interleukin 15 and CD4+ T Cells Cooperate to Promote Small Intestinal Enteropathy in Response to Dietary Antigen. Gastroenterology. 2013 Dec 18.
  • Auffret J, et al. Defective prolactin signaling impairs pancreatic -cell development during the perinatal period. Am J Physiol Endocrinol Metab. 2013 Nov 15;305(10):E1309-18.
  • Quétier I, et al. Hepatitis B virus HBx protein impairs liver regeneration through enhanced expression of IL-6 in transgenic mice. J Hepatol. 2013 Aug;59(2):285-91.
  • Nemazanyy I, et al. Defects of Vps15 in skeletal muscles lead to autophagic vacuolar myopathy and lysosomal disease. EMBO Mol Med. 2013 Jun;5(6):870-90.
  • Dion S, et al. Adeno-associated virus mediated gene transfer leads to persistent hepatitis B virus replication in mice expressing HLA-A2 and HLA-DR1 molecules. J Virol. 2013 Mar 6
  • Forand A, et al. EKLF-driven PIT1 expression is critical for mouse erythroid maturation in vivo and in vitro. Blood. 2013 Jan 24;121(4):666-78.
  • Treins C, et al. The combined deletion of S6K1 and Akt2 deteriorates glycemic control in a high-fat diet. Mol Cell Biol. 2012 Oct;32(19):4001-11.
  • Laouari D, et al. A transcriptional network underlies susceptibility to kidney disease progression. EMBO Mol Med. 2012 Aug;4(8):825-39.
  • Ferraris J, et al. Prolactin receptor antagonism in mouse anterior pituitary: effects on cell turnover and prolactin receptor expression. Am J Physiol Endocrinol Metab. 2012 Feb;302(3):E356-64
  • Panasyuk G, et al. PPAR contributes to PKM2 and HK2 expression in fatty liver. Nat Commun. 2012 Feb 14;3:672
  • Espeillac C, et al. S6 kinase 1 is required for rapamycin-sensitive liver proliferation after mouse hepatectomy. J Clin Invest. 2011 Jul;121(7):2821-32
  • Laouari D, et al. TGF-alpha mediates genetic susceptibility to chronic kidney disease. J Am Soc Nephrol. 2011 Feb;22(2):327-35.
  • Viau A, et al. Lipocalin 2 is essential for chronic kidney disease progression in mice and humans. J Clin Invest. 2010 Nov 1;120(11):4065-76.
  • Rouet V, et al. Local prolactin is a target to prevent expansion of basal/stem cells in prostate tumors. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Aug 24;107(34):15199-204.
  • Nikolov IG, et al. Tissue accumulation of lanthanum as compared to aluminum in rats with chronic renal failure possible harmful effects after long-term exposure. Nephron Exp Nephrol. 2010;115(4):e112-21.
  • Beck L, et al. The phosphate transporter PiT1 (Slc20a1) revealed as a new essential gene for mouse liver development. PLoS One. 2010 Feb 10;5(2):e9148.
  • Bachelot A, et al. Prolactin independent rescue of mouse corpus luteum life span: identification of prolactin and luteinizing hormone target genes. Am J Physiol Endocrinol Metab. 2009 Sep;297(3):E676-84.
  • Moriceau S, et al. Coronin-1 is associated with neutrophil survival and is cleaved during apoptosis: potential implication in neutrophils from cystic fibrosis patients. J Immunol. 2009 Jun 1;182(11):7254-63.

 

Base de données "Anticorps"

La plateforme met à votre disposition une base de données qui répertorie l’ensemble des anticorps primaires utilisés par les équipes du centre de recherche. Elle peut être consultée sous forme papier et informatique. Pour chaque anticorps, vous trouverez :

  • la fiche technique fournisseur
  • la fiche technique donné par l’équipe qui l’utilise : précisant son domaine d’application, l’espèce testée
  • le protocole IHC mis au point par l’équipe

Ainsi, en consultant cette banque anticorps vous obtiendrez un gain de temps considérable et vous éviterez certaines mises au point si celle-ci ont déjà été faites par une autre équipe. Cependant, il reste bien évident que chaque équipe doit faire l’effort de remplir les fiches pour chacun de leur anticorps et ce régulièrement afin que cette base de données soit régulièrement actualisée.
 

Bibliothèque

  • Histologie et biologie cellulaire – une introduction à l’anatomie pathologique (Kierszenbaum, 2006, De Boeck)
  • Atlas d’histologie fonctionnelle de Weather (Young, Lowe, Stevens and Heath, 2008, De Boeck)
  • The Atlas of Mouse Development (Kaufman, Academic Press)
  • A Colour Atlas of Anatomy of small laboratory animals – Volume two: Rat / Mouse / Hamster (Popesko, Rajtova, Horak, Saunders) (prêté par l’équipe Pende)
  • The Mouse brain in Stereotaxic Coordinates (Paxinos, Franklin, Academic Press)
  • Manipulating the Mouse Embryo – Techniques for Visualizing Gene Products, Cells, Tissues, and Organ Systems (Nagy, Gerstenstein, Vintersten, Berhinger, Cold spring harbor laboratory press)

Vous pouvez aussi consulter de la documentation issue du web ou de formation sur les colorations histologiques (Service d’Anapathomologie Necker), l’hybridation in situ (Roche et formation Inserm), la microdissection laser (Leica, formation Inserm, Zeiss, Publications), l’histologie (cours PCEM Paris 6).

Tissuthèque

La plateforme a constitué une tissuthèque afin de mettre à votre disposition de nombreux tissus de souris contrôles inclus en paraffine pouvant servir de tissu contrôle lors de marquages immunohistochimiques. Une banque de nombreux tissus de souris contrôles âgées de 8-10 semaines :

  • cerveau / cœur / foie / intestin / muscle / ovaire / peau / poumon / rate / rein / testicule / thymus / utérus
  • fixation en PFA 4% 24h
  • inclusion en paraffine
  • 2 fonds génétiques : FVB/N, C57Bl6
  • 2 sexes : ♂, ♀