La maîtrise des technologies à haut débit constitue un enjeu capital pour la recherche biomédicale. les volumes de données générés par ces techniques constituent de nouveaux challenges en terme d'analyse et de stockage. Le traitement de cette information complexe est nécessairement multidisciplinaire : mathématiques, statistique, informatique biologique.

La plate-forme BIP-D a été mise en place à l'initiative de l’Université Paris-Descartes et de ses partenaires pour réunir ces compétences au sein d'une structure performante capable de prendre en charge la gestion et l'analyse des données massives des projets de génomique et de transcriptomique, en particulier ceux utilisant les technique de séquençage de nouvelle génération.

  • Nicolas Cagnard  01 42 75 44 46 
    -  
  • Cécile Fourrage  01 42 75 44 47 
    -  
  • Patrick Nitschke  01 42 75 43 96 
    Responsable de plateforme  
  • Jean-Marc Plaza  01 42 75 44 47 
    -  
  • Frédéric Tores  01 42 75 44 46 
    -  
  • Serveur :

    • 1 x 2-Quad-Core Xeon X5355, 24 Gb Memory, 2 To disk
    • 2 x 4-Quad-Core Xeon X5550, 96 Gb Memory, 2 To disk
    • 1 x 4-Quad-Core Xeon X5550, 48 Gb Memory, 2 To disk

    Cluster Calcul :

    • 6 noeuds : 4-Quad-Core Xeon X5550, 48 Gb Memory,1 To disk
    • 8 nœuds : 4-Quad-Core Xeon X5550, 48 Gb Memory,1 To disk

    Stockage Disque :

    • 50 To, RAID 60
    • 100 To, RAID 60

    Hôpital Necker - Enfants Malades

    149 rue de Sèvres - 75743 PARIS cedex 15

    Tour Lavoisier - 7ème étage

    Les activités de la plateforme bioInformatique sont centrées sur l’analyse des données à haut debit telles que puces d’expression (transcriptomique), puces de SNPs (linkage, association) et bien sûr le séquençage haut débit.

    Activité de transcriptomique :

    La plateforme peut prendre en charge vos projets d’analyse de transcriptome/miRNA depuis la quantification jusqu’aux analyses statistiques. Nous disposons d’une licence Ingenuity que nous mettons à dispositions des chercheurs sur un poste client pour vous aider dans l’interprétation biologique de vos résultats. Un ingénieur de la plateforme est également disponible pour vous former sur Ingenuity. Nous pouvons de plus vous aider dans la mise en ligne de vos données sur les “repository” publiques.

    Pipeline d’analyse de liaison :

    Les données de génotypage sont intégrées dans  une base de données permettant de s’assurer de leur cohérence. L’insertion se fait au travers d’une interface graphique, permettant aux plates-formes génomiques de Paris Descartes d’insérer leurs résultats de génotypage en minimisant les erreurs de transfert ou les problèmes de dénomination. Nous avons également développé un ensemble d’outils assurant la cohérence des données (vérification du sexe, recherche d’erreurs de filiation entre les sujets apparentés).

    L’interface de visualisation permet d’analyser de manière autonome les résultats. Il est possible ainsi d’explorer plus finement une région, d’analyser les données par famille ou sous-ensemble de familles, de reconstruire les haplotypes et de les visualiser, et enfin d’exporter les génotypes et les lod-scores au format Excel.

    Pipeline de reséquençage (Polyweb) :

    Polyweb a été développé au sein de la plateforme bio-informatique de Paris Descartes en étroite collaboration avec les médecins/généticiens de l’université.

    Le développement de polyweb a été réalisé autour de deux idées simples :

    1. un pipeline d’analyse le plus pertinent possible, indépendant des technologies de séquençage ou du type de séquenceur utilisé;
    2. une interface graphique conviviale,  permettant en quelques clics et en temps réel de faciliter  la recherche du ou des  variants impliqués dans des  pathologie diverses, indépendamment du mode de transmission supposé (dominant/récessif) , et/ou du design de l’étude (familiale/cas sporadique).

    Polyweb est actuellement utilisé quotidiennement au sein de l’université Paris Descartes. Au cours des 3 dernières années, un peu plus de 3600 exomes ont été analysés pour 300 études, ayant permis l’identification ou la confirmation de l’implication d’une cinquantaine de gènes.

    Autre projets :

    En dehors de ces activités de routines, n’hesitez pas à nous contacter pour tout autre type de projets (RNAseq, CHIPseq  ou autres).

     

    Liste des publications de la plate-forme Bioinformatique Paris-Descartes (BiPD)

    2013

    1. Andre-Schmutz, I., L. Dal-Cortivo, E. Six, S. Kaltenbach, F. Cocchiarella, J. Le Chenadec, N. Cagnard, A. G. Cordier, A. Benachi, L. Mandelbrot, E. Azria, N. Bouallag, S. Luce, B. Ternaux, C. Reimann, P. Revy, I. Radford-Weiss, C. Leschi, A. Recchia, F. Mavilio, M. Cavazzana and S. Blanche (2013). "Genotoxic signature in cord blood cells of newborns exposed in utero to a Zidovudine-based antiretroviral combination." The Journal of infectious diseases 208(2): 235-243.

    2. Baeyens, A., L. Perol, G. Fourcade, N. Cagnard, W. Carpentier, J. Woytschak, O. Boyman, A. Hartemann and E. Piaggio (2013). "Limitations of IL-2 and Rapamycin in Immunotherapy of Type 1 Diabetes." Diabetes 62(9): 3120-3131.

    3. Boyer, O., S. Woerner, F. Yang, E. J. Oakeley, B. Linghu, O. Gribouval, M. J. Tete, J. S. Duca, L. Klickstein, A. J. Damask, J. D. Szustakowski, F. Heibel, M. Matignon, V. Baudouin, F. Chantrel, J. Champigneulle, L. Martin, P. Nitschke, M. C. Gubler, K. J. Johnson, S. D. Chibout and C. Antignac (2013). "LMX1B mutations cause hereditary FSGS without extrarenal involvement." Journal of the American Society of Nephrology : JASN 24(8): 1216-1222.

    4. Chauvin, C., V. Koka, A. Nouschi, V. Mieulet, C. Hoareau-Aveilla, A. Dreazen, N. Cagnard, W. Carpentier, T. Kiss, O. Meyuhas and M. Pende (2013). "Ribosomal protein S6 kinase activity controls the ribosome biogenesis transcriptional program." Oncogene.

    5. Fares-Taie, L., S. Gerber, N. Chassaing, J. Clayton-Smith, S. Hanein, E. Silva, M. Serey, V. Serre, X. Gerard, C. Baumann, G. Plessis, B. Demeer, L. Bretillon, C. Bole, P. Nitschke, A. Munnich, S. Lyonnet, P. Calvas, J. Kaplan, N. Ragge and J. M. Rozet (2013). "ALDH1A3 mutations cause recessive anophthalmia and microphthalmia." American journal of human genetics 92(2): 265-270.

    6. Gillard-Bocquet, M., C. Caer, N. Cagnard, L. Crozet, M. Perez, W. H. Fridman, C. Sautes-Fridman and I. Cremer (2013). "Lung tumor microenvironment induces specific gene expression signature in intratumoral NK cells." Frontiers in immunology 4: 19.

    7. Huber, C., E. A. Faqeih, D. Bartholdi, C. Bole-Feysot, Z. Borochowitz, D. P. Cavalcanti, A. Frigo, P. Nitschke, J. Roume, H. G. Santos, S. A. Shalev, A. Superti-Furga, A. L. Delezoide, M. Le Merrer, A. Munnich and V. Cormier-Daire (2013). "Exome sequencing identifies INPPL1 mutations as a cause of opsismodysplasia." American journal of human genetics 92(1): 144-149.

    8. Itan, Y., S. Y. Zhang, G. Vogt, A. Abhyankar, M. Herman, P. Nitschke, D. Fried, L. Quintana-Murci, L. Abel and J. L. Casanova (2013). "The human gene connectome as a map of short cuts for morbid allele discovery." Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 110(14): 5558-5563.

    9. Langouet, M., A. Saadi, G. Rieunier, S. Moutton, K. Siquier-Pernet, M. Fernet, P. Nitschke, A. Munnich, M. H. Stern, M. Chaouch and L. Colleaux (2013). "Mutation in TTI2 Reveals a Role for Triple T Complex in Human Brain Development." Human mutation.

    10. Le Goff, C., C. Mahaut, A. Bottani, B. Doray, A. Goldenberg, A. Moncla, S. Odent, P. Nitschke, A. Munnich, L. Faivre and V. Cormier-Daire (2013). "Not all floating-harbor syndrome cases are due to mutations in exon 34 of SRCAP." Human mutation 34(1): 88-92.

    11. Le Guen, T., L. Jullien, F. Touzot, M. Schertzer, L. Gaillard, M. Perderiset, W. Carpentier, P. Nitschke, C. Picard, G. Couillault, J. Soulier, A. Fischer, I. Callebaut, N. Jabado, A. Londono-Vallejo, J. P. de Villartay and P. Revy (2013). "Human RTEL1 deficiency causes Hoyeraal-Hreidarsson syndrome with short telomeres and genome instability." Human molecular genetics 22(16): 3239-3249.

    12. Mahevas, M., P. Patin, F. Huetz, M. Descatoire, N. Cagnard, C. Bole-Feysot, S. Le Gallou, M. Khellaf, O. Fain, D. Boutboul, L. Galicier, M. Ebbo, O. Lambotte, M. Hamidou, P. Bierling, B. Godeau, M. Michel, J. C. Weill and C. A. Reynaud (2013). "B cell depletion in immune thrombocytopenia reveals splenic long-lived plasma cells." The Journal of clinical investigation 123(1): 432-442.

     

    2012

    13. Moshous, D., E. Martin, W. Carpentier, A. Lim, I. Callebaut, D. Canioni, F. Hauck, J. Majewski, J. Schwartzentruber, P. Nitschke, N. Sirvent, P. Frange, C. Picard, S. Blanche, P. Revy, A. Fischer, S. Latour, N. Jabado and J. P. de Villartay (2013). "Whole-exome sequencing identifies Coronin-1A deficiency in 3 siblings with immunodeficiency and EBV-associated B-cell lymphoproliferation." The Journal of allergy and clinical immunology 131(6): 1594-1603.

    14. Poirier, K., N. Lebrun, L. Broix, G. Tian, Y. Saillour, C. Boscheron, E. Parrini, S. Valence, B. S. Pierre, M. Oger, D. Lacombe, D. Genevieve, E. Fontana, F. Darra, C. Cances, M. Barth, D. Bonneau, B. D. Bernadina, S. N'Guyen, C. Gitiaux, P. Parent, V. des Portes, J. M. Pedespan, V. Legrez, L. Castelnau- Ptakine, P. Nitschke, T. Hieu, C. Masson, D. Zelenika, A. Andrieux, F. Francis, R. Guerrini, N. J. Cowan, N. Bahi-Buisson and J. Chelly (2013). "Mutations in TUBG1, DYNC1H1, KIF5C and KIF2A cause malformations of cortical development and microcephaly." Nature genetics 45(6): 639-647.

    15. Agostini, J., S. Benoist, M. Seman, C. Julie, S. Imbeaud, F. Letourneur, N. Cagnard, P. Rougier, A. Brouquet, J. Zucman-Rossi and P. Laurent-Puig (2012). "Identification of molecular pathways involved in oxaliplatin-associated sinusoidal dilatation." Journal of hepatology 56(4): 869-876.

    16. Ait Ghezala, H., B. Jolles, S. Salhi, K. Castrillo, W. Carpentier, N. Cagnard, A. Bruhat, P. Fafournoux and O. Jean-Jean (2012). "Translation termination efficiency modulates ATF4 response by regulating ATF4 mRNA translation at 5' short ORFs." Nucleic acids research 40(19): 9557-9570.

    17. Barak, H., S. H. Huh, S. Chen, C. Jeanpierre, J. Martinovic, M. Parisot, C. Bole-Feysot, P. Nitschke, R. Salomon, C. Antignac, D. M. Ornitz and R. Kopan (2012). "FGF9 and FGF20 maintain the stemness of nephron progenitors in mice and man." Developmental cell 22(6): 1191-1207.

    18. Barcia, G., M. R. Fleming, A. Deligniere, V. R. Gazula, M. R. Brown, M. Langouet, H. Chen, J. Kronengold, A. Abhyankar, R. Cilio, P. Nitschke, A. Kaminska, N. Boddaert, J. L. Casanova, I. Desguerre, A. Munnich, O. Dulac, L. K. Kaczmarek, L. Colleaux and R. Nabbout (2012). "De novo gain-of-function KCNT1 channel mutations cause malignant migrating partial seizures of infancy." Nature genetics 44(11): 1255-1259.

    19. Cimino, Y., A. Costes, D. Damotte, P. Validire, S. Mistou, N. Cagnard, M. Alifano, J. F. Regnard, G. Chiocchia, C. Sautes-Fridman and L. Tourneur (2012). "FADD protein release mirrors the development and aggressiveness of human non-small cell lung cancer." British journal of cancer 106(12): 1989-1996.

    20. Courtine, E., N. Cagnard, J. Mazzolini, M. Antona, F. Pene, C. Fitting, S. Jacques, C. Rousseau, F. Niedergang, S. Gerondakis, J. D. Chiche, F. Ouaaz and J. P. Mira (2012). "Combined loss of cRel/p50 subunits of NF-kappaB leads to impaired innate host response in sepsis." Innate immunity 18(5): 753-763.

    21. Delphin, N., S. Hanein, L. F. Taie, X. Zanlonghi, D. Bonneau, J. P. Moisan, C. Boyle, P. Nitschke, S. Pruvost, J. P. Bonnefont, A. Munnich, O. Roche, J. Kaplan and J. M. Rozet (2012). "Intellectual disability associated with retinal dystrophy in the Xp11.3 deletion syndrome: ZNF674 on trial. Guilty or innocent?" European journal of human genetics : EJHG 20(3): 352-356.

    22. Durand, A., B. Donahue, G. Peignon, F. Letourneur, N. Cagnard, C. Slomianny, C. Perret, N. F. Shroyer and B. Romagnolo (2012). "Functional intestinal stem cells after Paneth cell ablation induced by the loss of transcription factor Math1 (Atoh1)." Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 109(23): 8965-8970.

    23. Falgarone, G., A. Essabbani, F. Dumont, N. Cagnard, S. Mistou and G. Chiocchia (2012). "Implication of clusterin in TNF-alpha response of rheumatoid synovitis: lesson from in vitro knock-down of clusterin in human synovial fibroblast cells." Physiological genomics 44(3): 229-235.
24. Guerci, A., C. Lahoute, S. Hebrard, L. Collard, D. Graindorge, M. Favier, N. Cagnard, S. Batonnet- Pichon, G. Precigout, L. Garcia, D. Tuil, D. Daegelen and A. Sotiropoulos (2012). "Srf-dependent2paracrine signals produced by myofibers control satellite cell-mediated skeletal muscle hypertrophy." Cell metabolism 15(1): 25-37.
25. Michot, C., C. Le Goff, A. Goldenberg, A. Abhyankar, C. Klein, E. Kinning, A. M. Guerrot, P. Flahaut, A. Duncombe, G. Baujat, S. Lyonnet, C. Thalassinos, P. Nitschke, J. L. Casanova, M. Le Merrer, A. Munnich and V. Cormier-Daire (2012). "Exome sequencing identifies PDE4D mutations as another cause of acrodysostosis." American journal of human genetics 90(4): 740-745.

    26. Nehme, N. T., J. Pachlopnik Schmid, F. Debeurme, I. Andre-Schmutz, A. Lim, P. Nitschke, F. Rieux- Laucat, P. Lutz, C. Picard, N. Mahlaoui, A. Fischer and G. de Saint Basile (2012). "MST1 mutations in autosomal recessive primary immunodeficiency characterized by defective naive T-cell survival." Blood 119(15): 3458-3468.

    27. Pachlopnik Schmid, J., R. Lemoine, N. Nehme, V. Cormier-Daire, P. Revy, F. Debeurme, M. Debre, P. Nitschke, C. Bole-Feysot, L. Legeai-Mallet, A. Lim, J. P. de Villartay, C. Picard, A. Durandy, A. Fischer and G. de Saint Basile (2012). "Polymerase epsilon1 mutation in a human syndrome with facial dysmorphism, immunodeficiency, livedo, and short stature ("FILS syndrome")." The Journal of experimental medicine 209(13): 2323-2330.

    28. Perrault, I., S. Hanein, X. Zanlonghi, V. Serre, M. Nicouleau, S. Defoort-Delhemmes, N. Delphin, L. Fares-Taie, S. Gerber, O. Xerri, C. Edelson, A. Goldenberg, A. Duncombe, G. Le Meur, C. Hamel, E. Silva, P. Nitschke, P. Calvas, A. Munnich, O. Roche, H. Dollfus, J. Kaplan and J. M. Rozet (2012). "Mutations in NMNAT1 cause Leber congenital amaurosis with early-onset severe macular and optic atrophy." Nature genetics 44(9): 975-977.

    29. Perrault, I., S. Saunier, S. Hanein, E. Filhol, A. A. Bizet, F. Collins, M. A. Salih, S. Gerber, N. Delphin, K. Bigot, C. Orssaud, E. Silva, V. Baudouin, M. M. Oud, N. Shannon, M. Le Merrer, O. Roche, C. Pietrement, J. Goumid, C. Baumann, C. Bole-Feysot, P. Nitschke, M. Zahrate, P. Beales, H. H. Arts, A. Munnich, J. Kaplan, C. Antignac, V. Cormier-Daire and J. M. Rozet (2012). "Mainzer-Saldino syndrome is a ciliopathy caused by IFT140 mutations." American journal of human genetics 90(5): 864-870.

    30. Rodrigues-Ferreira, S., M. Abdelkarim, P. Dillenburg-Pilla, A. C. Luissint, A. di-Tommaso, F. Deshayes, C. L. Pontes, A. Molina, N. Cagnard, F. Letourneur, M. Morel, R. I. Reis, D. E. Casarini, B. Terris, P. O. Couraud, C. M. Costa-Neto, M. Di Benedetto and C. Nahmias (2012). "Angiotensin II facilitates breast cancer cell migration and metastasis." PloS one 7(4): e35667.

    31. Schulz, C., E. Gomez Perdiguero, L. Chorro, H. Szabo-Rogers, N. Cagnard, K. Kierdorf, M. Prinz, B. Wu, S. E. Jacobsen, J. W. Pollard, J. Frampton, K. J. Liu and F. Geissmann (2012). "A lineage of myeloid cells independent of Myb and hematopoietic stem cells." Science 336(6077): 86-90.

    32. Thomas, S., M. Legendre, S. Saunier, B. Bessieres, C. Alby, M. Bonniere, A. Toutain, L. Loeuillet, K. Szymanska, F. Jossic, D. Gaillard, M. T. Yacoubi, S. Mougou-Zerelli, A. David, M. A. Barthez, Y. Ville, C. Bole-Feysot, P. Nitschke, S. Lyonnet, A. Munnich, C. A. Johnson, F. Encha-Razavi, V. Cormier-Daire, C. Thauvin-Robinet, M. Vekemans and T. Attie-Bitach (2012). "TCTN3 mutations cause Mohr- Majewski syndrome." American journal of human genetics 91(2): 372-378.

    33. Vedrenne, V., A. Gowher, P. De Lonlay, P. Nitschke, V. Serre, N. Boddaert, C. Altuzarra, A. M. Mager- Heckel, F. Chretien, N. Entelis, A. Munnich, I. Tarassov and A. Rotig (2012). "Mutation in PNPT1, which encodes a polyribonucleotide nucleotidyltransferase, impairs RNA import into mitochondria and causes respiratory-chain deficiency." American journal of human genetics 91(5): 912-918.